Data de 1600 o aparecimento de Paraty como caminho misto marítimo-terrestre entre Portugal, São Paulo e Minas Gerais. Com a descoberta do ouro nas "gerais", Paraty tornou-se ponto obrigatório para os que vinham do Rio de Janeiro, em demanda das minas, uma vez que esse era o único local em que a Serra do Mar podia ser transposta, através de uma antiga trilha dos índios Guaianás, pela Serra do Facão e o local em que hoje fica a cidade de Cunha, em São Paulo, e atingindo o Vale do Paraíba, em Taubaté - depois em Pindamonhangaba e Guaratingüetá - e daí os sertões das "gerais". Foi esse o caminho trilhado por Martim Correia de Sá, filho do Governador Salvador de Sá, na expedição de 1597. Graças à sua situação de caminho único para o vale do Paraíba e as minas para quem vinha do Norte, a povoação prosperou rapidamente. Os paulistas do vale desciam a Serra com os produtos de sua lavoura para negociá-los e ali adquirir os artigos de que necessitavam.

Com o movimento intenso do seu porto, que chega a ser o segundo maior porto do país até meados do século XVIII, desenvolve-se a cultura da cana-de-açúcar e café, além de grande comércio de arroz, milho, feijão, aguardente e farinha. A vila possuía nessa época mais de 250 engenhos, com grande produção de açúcar e aguardente, que Paraty passou a ser sinônimo de cachaça. Até hoje se produz a famosa aguardente, destilada de caldo de cana, de fatura artesanal e diferente das comuns do país, em vários engenhos. Por ali se escoava grande parte do ouro das Minas e, Paraty funcionava como um entreposto oficial, tanto que uma Carta Régia de 09 de maio de 1703, criou registros do ouro na Vila e na Serra, extinguindo todos os demais, salvo o de Santos. Depois da abertura, na Segunda década do século XVIII, do "caminho novo" para as Minas Gerais, o qual, partindo do Rio de Janeiro através da Serra dos Órgãos, Paraíba do Sul e Borda do Campo (Barbacena), encurtava para 15 dias a jornada para os sertões do ouro, Paraty sofreu o primeiro declínio. Ainda assim, continuou importante porto de mar até fins do século XX. As caravelas que vinham da Europa ali faziam escala quase obrigatória. Companhias líricas vinham da Europa representar no teatro de Paraty, que também recebeu atores nacionais do vulto de João Caetano. A abolição da escravatura em 1888, no entanto, só veio agravar a situação da cidade, pois, com êxodo dos trabalhadores rurais, verificou-se o colapso de sua economia, baseada na cultura da cana-de-açúcar e do café. Além disso, ao ser suplantada sua cabotagem pelas comunicações terrestres, como a construção da estrada de ferro ligando Rio de Janeiro a São Paulo, o porto perde seu movimento e a cidade entra em decadência. Praticamente isolada das cidades vizinhas até 1950, Paraty conservou à duras penas, seus prédios residenciais e públicos, como que a atestar o passado de grandeza e importância que já desfrutara. A partir de 1954, com a abertura de uma estrada carroçável para Cunha, na direção do antigo caminho colonial da Serra, processou-se lentamente o ressurgimento econômico do município, tanto pela recuperação das lavouras, como pela afluência de turistas, vindo principalmente de São Paulo. Atualmente, a rodovia Rio-Santos, veio dar um novo alento à região, esquecida durante quase um século. Se de um lado este fato barrou-lhe o progresso, por outro, pode ter sido o principal fator de conservação da cidade tal qual a vemos hoje: uma urbe colonial em pleno século XX.