O território do atual Município de Paraty, era ocupado, à época do descobrimento, pelos índios Guaianás, também conhecidos como Goiamimins, que se estendiam para o Norte até Angra dos Reis e para o Sul até o Rio Cananéia do Sul. As terras do atual município foram desbravadas devido à necessidade de serem abertos caminhos que ligassem as regiões de São Paulo e Minas Gerais ao Rio de Janeiro. Desde o início do século XVI, até o princípio do século XVII, com a Serra do Mar como obstáculo, Paraty foi ponto de passagem obrigatório pra os viajantes e, portugueses vindos da Capitania de São Vicente instalaram-se na região.

Alguns historiadores situam a fundação de Paraty em meados de 1500, quando da expedição de Martim Afonso de Souza. Certo, porém, é a passagem de Martim Correia de Sá, à frente de 700 portugueses e 2000 índios, na grande expedição de 1597, contra os Tamoios na região das minas. O primeiro núcleo organizado de povoamento surgiu num morro "distante 25 braças" do rio Perequê-açu, hoje chamado Morro do Forte e antigamente conhecido como Morro da Vila Velha, onde, em princípios do século XVII, foi erigida uma capela dedicada a São Roque - primeiro padroeiro do povoado. Por volta de 1646, o povoado transferiu-se para o local atual, quando D. Maria Jácome de Mello, doou as terras entre os rios Perequê-açu e Patitiba, para a instalação do então crescente povoado, sob duas condições: que se construísse uma capela em louvor à Nossa Senhora dos Remédios - atual protetora - e que os índios do local não fossem molestados.