Em virtude de sua posição, na base da serra, há grande número de rios. Dentre eles destacam-se: o Mambucaba, o mais importante, que corre de norte para sul e tem como afluentes o Grota, o Grande e o Arataquara; e o Funil, o 2º em importância, que nasce na serra de Paraty e percorre o município de oeste para leste. Há ainda, o Taquari, o Graúna, o Jabaquara, o Perequê-açu, o Mateus Nunes ou Patitiba, o Caçada, o dos Meros, o Regato, o Paraty-Mirim, entre outros.